无菌室一般设置在微生物实验室内，又称为无菌实验室，是与外界隔离的独立小房间，用板材和玻璃建造。以无菌环境和无菌材料为支持，在保持无菌状态下，才能对某种特定的已知微生物进行研究。所以控菌能力和控菌稳定性是无菌室的核心验收指标。
二级及三级无菌室在微生物实验室中比较常见，无菌室包含准备区、缓冲区、无菌室，建造标准需要符合中华人民共和国卫生行业标准:WS233-2002《微生物和生物医学实验室生物安全通用准则》。
二级（P2）无菌室为万级、局部百级，包含高、中、初效过滤系统，无菌室的大小，应按每个操作人员占用面积不少于3m²设置，符合目前世界通用的美国联邦209E标准。更衣间及风淋室采用人体自动感应系统。